Физико-математический лицей № 239 является одним из элитных учебных заведений нашего города и имеет богатую историю. Школа была организована в 1918 г. и первоначально располагалась в «доме со львами» на углу Адмиралтейского проспекта и Исаакиевской площади, в знаменитом доме Лобанова-Ростовского. Позже школа несколько раз меняла свой адрес и с 1975 года она расположена в центре Санкт-Петербурга между двумя улицами – Фурштатской и Кирочной,   в двух зданиях, где до революции размещалась  школа Святой Анны (Анненшуле).  

В 1961 году школа изменила свой статус, став специализированной физико-математической школой. Позже, в 1990 году, по распоряжению Министерства Просвещения РФ школа № 239 стала физико-математическим лицеем и экспериментальной базой-лабораторией стандартов обучения физике, математике и информатике в Санкт-Петербурге.

На протяжении всех лет, начиная с 1960-х годов, учащиеся школы показывают стабильно очень высокие результаты на олимпиадах различного уровня (от городских до международных), причем не только по профилирующим предметам, но и по химии, биологии, литературе, истории, русскому и английскому языкам. По результативности участия в олимпиадах лицей признан первым в России.

Имена победителей на Олимпиадах по физике и математике, написанные золотыми буквами, красуются на почетных досках, установленных в школе.

В лицее № 239 действует отделение дополнительного образования, включающее в себя математический центр, физический центр, центр информационных технологий, химический центр, театральную студию, театр на английском языке, журналистский клуб, кружки краеведения, туризма и спортивного ориентирования, секции волейбола, баскетбола, футбола и пр. В лицее оборудовано несколько современных компьютерных классов с круглосуточным высокоскоростным доступом в интернет, есть своя библиотека, физические и химические лаборатории, лаборатории нанотехнологий и робототехники, два больших спортивных зала и многое другое.

Лицей богат своими традициями. Среди его выпускников много известных людей. Учителя лицея имеют различные почетные звания, в том числе несколько учителей носят звание «Заслуженный учитель РФ». Школа-лицей была одним из немногих ленинградских учебных заведений, работавших в годы блокады. Летопись лицея ведет музей, который является филиалом Музея истории Санкт-Петербурга.

Год назад лицей № 239 получил статус Президентского лицея – нетиповой образовательной организации для детей, проявивших особые способности и имеющих выдающиеся результаты в изучении точных и естественных наук.

Информационно-образовательный центр «Русский музей: виртуальный филиал», открытый на базе лицея № 239, позволяет широко использовать материалы Русского музея в изучении и популяризации русской художественной культуры, включив их в учебный процесс, а также в процесс дополнительного образования школьников. 

Презентацию проекта «Русский музей: виртуальный филиал» провели специалисты отдела развития проекта «Русский музей: виртуальный филиал» Государственного Русского музея.