В феврале 1942 года школа вместе с Академией Художеств была эвакуирована в Самарканд, где занятия были возобновлены, несмотря на неустроенность и стесненные условия. Более того, проводились наборы новых учеников. Старшие школьники участвовали в строительстве гидроэлектростанции и железной дороги, работали на уборке урожая.

В такие трудные для всей страны времена, государство и преподавательский состав находили возможным поощрять и морально поддерживать учащихся за старание и успеваемость, тем самым, сохраняя творческий потенциал страны. Так, в 1943 году для стимулирования художественного творчества учеников СХШ устанавливались денежные премии за отличную успеваемость по искусству.

Многие старшие ученики прямо из школы пошли на фронт. Воевали за освобождение Родины: Соколов А., Скоробогатов И., Канеев М, Котик Б., Кабачек Л., Загонек В.Ф., Богаткин Ю., Фёдоров Б., Ветрогонский В.А., Ерёмин А. и многие другие. Не всем бывшим ученикам школы удалось стать художниками. У многих война отняла эту мечту навсегда, некоторые погибли на фронте.

В январе 1944 года Академия Художеств и СХШ были переведены в Загорск, а в июне 1944 года вернулись из эвакуации в Ленинград.

К моменту начала Великой Отечественной войны в СХШ насчитывалось 189 человек. В августе 1944 года в СХШ числилось 53 ученика. В феврале 1945 года — 113 учеников, а в октябре 1945 года в школе числилось уже 152 ученика.

После войны школа с успехом продолжала набирать темп творческой жизни. С 1947 года директором СХШ назначается Андрецов Николай Ильич, который пробыл на этой должности до 1952 года.

В 1947 году школа активно участвовала во Всероссийских конкурсах детского творчества. Юным авторам Петру Кипарисову, Владимиру Скакуну, Ивану Пластинкину были вручены первые послевоенные премии, вынесена похвала Леониду Богданову за эскиз «Партизаны в тылу врага», который он написал по воспоминаниям своего тяжёлого военного детства, когда он в десятилетнем возрасте, пробираясь через линию фронта с группой советских людей, попал на мину и потерял глаз и руку. Также отмечены премиями работа Юрия Якубовского «Комсомольцы конной армии Будённого», рисунок Бориса Осенчакова «Допрос комсомольца», эскиз Ильи Глазунова «Молодёжь на субботнике в парке Победы».